侯森于2004年8月至2006年12月效力于北京国安少年队，2007年起进入北京国安青年队。2009年，侯森进入北京国安一线队名单，担任替补守门员。

进入国安俱乐部后，凭借良好的身体素质和日渐成熟的技术风格，外加谦逊勤奋的性格，使侯森也争取到了国字号球队去参赛的机会。曾先后进入国青、国奥队效力。

侯森在2009年曾代表北京队参加第十一届全运会，并担任队长，最终带领北京队获得全运会第五名的成绩。