小时候在大连实德梯队接受训练，但是由于实德一线队人才济济，吕建军为了踢上比赛加盟大连长波。

2008年加盟长春亚泰，效力7年，为球队的主力边后卫。

2015年2月28日，河南建业官方宣布长春亚泰边后卫吕建军转会加盟球队。

2008年代表中国男足国奥队参加北京奥运会。

2008年3月入选朱广沪执教的中国国家队。

当年在哈尔滨毅腾时期有一段时间无法踢上比赛，但是贾秀全仍旧将其招入国青队，所以吕建军称贾秀全为“恩师”。

由于在8月1日出生，父母为其起名“建军”。

绰号“大白”。