出生于湖北武汉。

2002年，12岁的冯卓毅被成都市足协从武汉带到了成都，成为成都市足协下属德瑞足球培训中心的首批学员。

2009年，冯卓毅进入成都谢菲联一线队名单，开始职业足球生涯。

2013年1月31日，广州富力足球俱乐部正式宣布与球员冯卓毅签约。

2016年赛季主场同北京国安的比赛攻入绝杀进球，这也是其加盟球队后的第一粒进球。

2009年8月6日，入选了中国足协公的新一届中国国奥足球队的25人集训大名单。

2009年全运会男足甲组排名赛，冯卓毅打进全场唯一进球，帮助四川队1：0淘汰江苏队，晋级9、10名排位赛。

2012年4月7日，在中甲联赛第四轮客场和福建骏豪的比赛中打进职业生涯的首个进球，帮助成都谢菲联2比2战平对手。