中锋出身的他背身拿球出色，速度快，能护球，敢突破，脚下技术娴熟。在左边前卫的位置上，常常利用速度和变向带球切入传中，为队友创造机会。

2000年进入根宝足球基地，2006年进入一队。

2007赛季中乙联赛中射进8球，帮助上海东亚升级到中甲联赛。

06赛季中乙南区射手王，长期占据主力中锋的位置。在10赛季引入外援前锋后逐渐改打边锋。

吕文君曾入选国奥队征战2010年亚运会的男足比赛。

2012赛季，吕文君出场29次进球6个，帮助上海东亚获得中甲冠军并升级到中超联赛。

2011年中甲十大新星。